他对土司用兵，政策性极强，轻重缓急，把握得当。

长寨地区改土之时，各处土司态度都很凶横，官兵所到，土司皆挟众反抗。

鄂尔泰命总兵挥师挺进，攻陷一个个塞垒，坚决镇压敢于反抗的大小土司，很快便征服了永宁、永安、安顺等1398寨，广顺、定番、镇宁等680余寨，战果辉煌。

镇沅地区土司刀瀚、沾益土司安于蕃，是前朝被任命的土知府和土知州，他们以朝廷命官身份招募军队，既扩充了他们的势力，又毁坏了官府的形象。

鄂尔泰发兵进击，活捉了刀瀚、安于蕃。

在其地分设镇沅州（今镇沅县）、沾益州（今沾益县），以流官取代了土司。

随后，鄂尔泰置函劝乌蒙、镇雄二地土知府向官兵自动投降。

两地土司禄万钟、陇庆侯不仅不降，反而联合对抗官兵，不待官兵行动即攻掠东川府清军营盘，气焰十分嚣张。

鄂尔泰命游击哈元生率兵征讨，并咨文川军协助进剿，一举击败二土司联军，遂又对二地改流，设乌蒙府和镇雄州。