巡检司实行巡检司使与各地主官双重管理模式，周云经过深思熟虑，安排经验丰富、曾在泽州担任巡检司使的韩永年出任巡检总司的司使。

周云心中的整编计划，打算将这二十万反正军整编成三个部分。

对于其中的老弱病残，他安排他们进入各地的打井队、建筑队或者工坊，让这些人都能有一份谋生的差事，不至于流离失所。

同时，选拔吸收一部分人员进入各地巡检司衙门，成为维护地方治安的巡检司兵丁，协助当地官府执行各项繁杂事务。

而剩余的人员，则被整编成十二个团，分别划拨给向云军三个团、开云军两个团、归云军三个团、岳云军两个团、泽云军一个团以及汝云军一个团。

整个整编事宜繁琐复杂，耗费了近一个月的时间才终于宣告完成。

在整编的同时，周云对军事布局进行了重大调整，取消了北路和中路方面军，重新调防各军，并为他们明确划分了各自负责的区域。

向云军下辖五个团，驻军怀庆府，主要负责除晋南泽潞沁之外的黄河以北地区的防务，抵御着来自北方清军的攻击。

开云军辖四个团，驻军登封，承担着开封以西的防务重任，时刻警惕着来自西方、如今驻扎在洛阳的图赖所率领的清军。

汝云军辖三个团，驻军汝宁府的信阳州，主要负责汝宁府周边的防务，抵御着来自南、东、西三个方向南明和大顺军的威胁。

岳云军辖四个团，驻军徐州的单县，负责归德府以东的防务，严密监视着清军自东而来的动向。

归云军辖四个团，驻军归德府商丘，拱卫着都帅府，随时支援四方。

泽潞沁署理都统麾下的守备团全部转成主力团，整编成一个团，罗洪换下红娘子署理泽云军都统。

泽云军辖四个团，驻军泽州，主要负责泽潞沁周边的防务，守护着一方安宁。

周云将红娘子召回了归德府，让她负责军队辎重物资的后勤管理事务。

此外，周云还对这次战役中立下战功的人进行了封赏，对失职之人也毫不留情地予以惩罚，赏罚分明，军心为之振奋。

就在周云有条不紊地整编辖下军队之时，清军的攻势如汹涌的潮水般从山东大举南下。