雍正元年，正月，他被任命为云南乡试副主考。

五月，越级提升为江苏布政使，成为地方大员。

雍正三年，晋升为广西巡抚。

在赴任途中，雍正帝觉得仍可大用，改封为云南巡抚，兼管云南、贵州、广西三省。

就在此时，朝廷发生了关于“改土归流”的争议。

而名义上的云贵总督杨名时，只管理云南巡抚的事务。

所以，鄂尔泰在西南开始官职虽为巡抚，而实际上行使着总督的职权。

原来，云南、贵州、广西、四川及湖南，湖北等地，居住着苗、彝、壮、白、瑶等少数民族。

这些地方交通闭塞、习俗固弊，经济、文化落后，直至清初仍实行着野蛮的土司制度。

各处的大小土司如同部落主，广大土着居民皆是他们的奴隶和部卒，土地、山林、水源，包括土着居民人身全被土司占有，土司与土民成为世代不变的主仆关系。

土司所到之处，土着居民都要跪在地上膜拜。