我们查出大蛇丸的巢穴，深入虎穴，抓住了背叛我们的佐井。佐井问我为何执着于要拯救佐助，我表示自己与佐助之间有着兄弟般的 “羁绊”。佐井受我感动，最终决定协助我们拯救佐助。我和樱与佐助再会，但佐助冷漠的态度及强大的实力却出乎意料之外。佐助称要把我杀掉，以斩断彼此间的 “羁绊”。大蛇丸及兜再次出现，阻止佐助下杀手。佐助于是随大蛇丸离去。
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飞段角都之战
我在卡卡西老师与大和队长的帮助下开始修炼查克拉性质变化的修行。阿斯玛老师向我讲解了风的性质变化的诀窍。阿斯玛在与 “晓” 的对战中牺牲。我用新术风遁?螺旋手里剑击败了角都，但右手也因新术威力过大而受创。纲手禁止我再用此术。
追捕宇智波鼬
为得知晓的情报、追寻佐助的下落，木叶派出七班和八班追捕鼬。我的影分身独自遇上鼬。鼬在确认我拯救佐助的决心后，将一只乌鸦送入我体内并离开。后众人与 “晓” 的新成员 —— 一个自称为 “宇智波斑” 的神秘 “面具男” 对战。众人得知佐助杀死了鼬。“斑” 于是不再恋战，先众人一步把倒地的佐助带走。
佩恩入侵
我回到木叶，得知自来也被佩恩杀害的噩耗。我在伊鲁卡和鹿丸的鼓励下再度振作。我前往妙木山修炼 “仙术”。佩恩六道突袭木叶，摧毁了全村。习得仙人模式和新术仙法?风遁?螺旋手里剑的我紧急回到木叶，打败了五个佩恩，但最终被天道佩恩抓获。雏田为救我而出被天道打伤，我误以为雏田死亡，愤怒之下爆出八条尾巴。四代封印的查克拉现身阻止，我才得知自己的身世。我脱离地爆天星，用螺旋丸打败了天道，并找到佩恩本体 —— 长门。与我的交谈中，长门被我感化。放弃原定计划，决定将梦想托付给我，耗尽生命复活了自己这次突袭杀死的所有人。我送走小南，回到木叶。所有村民欢迎我回来，把我当成英雄崇拜。
五影会谈
我和樱因得知佐助和晓联手而大为惊愕。我决定出面化解、阻止佐助继续走入邪道。我追上前去出席五影大会的雷影，希望能劝他放过佐助，遭雷影怒斥。我在投宿的旅店中遇上了 “斑”，质问 “斑” 对佐助到底有何企图。“斑” 告知我宇智波灭门的真相，称佐助现已被对木叶的仇恨所支配。樱等人突然来访，并对我当面告白，同时劝我放弃带回佐助，但我拒绝了她。我原本想说出灭门案的真相，但被卡卡西阻止。佐井偷偷用分身告诉我，原来与我同期的木叶忍者都决定刺杀佐助，连樱也下定决心准备与佐助做个了断。我爱罗等人赶到，将佐助大闹会场、“斑” 发动第四次忍界大战的情况告诉我，我难以承受，出现过度呼吸症而昏迷。
第七班重聚
佐助杀死了团藏，又与卡卡西对战，因写轮眼使用过度而视力严重下降。樱想趁机刺杀佐助，但最后仍是下不了手，反而被佐助抓住破绽。我及时救下樱。两人重现终结之谷的对决，结果双方实力不相上下。我对佐助表示我不再阻止他复仇，但前提是由我来当佐助的第一个目标。佐助说了句 “那么就先从你开始杀吧”，和 “斑” 一起用时空间忍术离去。
龟岛试炼
我受大蛤蟆仙人暗示寻找八尾人柱力奇拉比。在一座孤岛上，我与比会合，展开 “训练”。我在真实之瀑中面对心中的黑暗鸣人，成功感化黑暗鸣人。在比的引导下，我抵达自己的心中最深处，与九尾交战，在母亲玖辛奈的帮助下成功压制了九尾并控制其查克拉。我识破藏身于鲛肌里的鬼鲛，鬼鲛自知不敌欲逃走，被我打成重伤。之后，我展开尾兽查克拉应用训练的最后阶段。
第四次忍界大战
我与比一同奔赴战场。途中遇到长门和鼬。鼬摆脱兜的控制后帮助我与比封印长门，并将佐助托付于我。我和比在前进的路上遭遇假 “斑” 率领的人柱力们，处于劣势，卡卡西和凯赶到帮助我们共同作战。我在战斗中进入尾兽们的内心世界，感化了包括九尾在内的众尾兽，成为继六道仙人以后第二个得到尾兽认同的人，并第一次实现了真正的尾兽化。假 “斑” 准备强行复活十尾，为阻止十尾复活，我们联手攻击假 “斑”，最终卡卡西破解了假 “斑” 的时空间忍术并最终击碎了假 “斑” 的面具。假 “斑” 现出真面目 —— 宇智波带土。
解除秽土转生契约的斑来到了战场，与带土一起作战。斑和带土成功复活了十尾，这时忍者联军登场，合力对付十尾，但十尾过于强大的力量让忍者联军损伤惨重，宁次也为保护我和雏田而牺牲。我在带土的讥讽质问中几乎绝望，但在雏田的安慰和九尾的训斥下使我恢复了精神。我把九尾再次制造的查克拉调整成适合每个忍者的类型，输送到忍者联军每个成员身上。
四位火影奔赴战场后联合发动四赤阳阵困住十尾；而此时的十尾释放出一颗尾兽玉，企图破坏结界，四位火影成功防御了十尾的尾兽玉攻击，使十尾自食苦果。之后，带土返回并吸收十尾，成功变成十尾人柱力，我，佐助与先代火影配合进攻，期间发现了十尾人柱力不能化解仙术的缺陷，我在第二代火影使用飞雷神术的帮助下利用仙术螺旋丸对带土造成有效攻击。之后，带土释放神树，利用神树将大量忍者的查克拉吸收导致忍者联军受到极大伤亡，我在内心即将发生动摇时在佐助的带动下重拾信心，最后二人联手使用 “威装?须佐能乎” 对战十尾人柱力宇智波带土，在二人的努力以及其他忍者联军的配合支持下，带土终于被击败，其体内的众尾兽被成功救出。
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对战斑
紧接着，斑也被柱间使用木遁木龙之术束缚住，柱间打算以此吸收斑的查克拉，斑吸收查克拉的忍术也因此无效了，此时，我趁机使用大玉螺旋丸手里剑企图给予斑最后一击。